Een algemene beoordeling van de waterkwaliteit kan op basis van een chemische ontleding. Bij een standaard wateranalyse worden naast de zuurtegraad (pH) en de elektrische geleidbaarheid (EC), de hoofd- en spoorelementen geanalyseerd.
Zuurtegraad (pH)
De pH van water ligt meestal tussen 4,5 en 8,5. De pH moet altijd worden geïnterpreteerd in samenhang met het aanwezige bicarbonaatgehalte. Bicarbonaat is een belangrijke buffer voor pH-waarden tussen 5,5 en 7,5. Bij toevoeging van zuur aan water dat meer dan 1 mmol/l bicarbonaat bevat, zijn de veranderingen in pH slechts gering. Bij de minste toevoeging van zuur aan water met weinig bicarbonaat, minder dan 0,5 mmol/l, daalt de pH onmiddellijk. Toevoeging van ammoniumhoudende meststoffen aan water met een laag bicarbonaatgehalte is daarom af te raden. Kalkneerslag in leidingen en dergelijke ontstaat bij een pH boven 6,2. Bij uitgangswater met een te hoge pH kan het water worden aangezuurd.
EC
De geleidbaarheid (EC) van water is een maat voor het totale gehalte aan aanwezige ionen. Het verschaft geen informatie over de aard van de ionen. De geleidbaarheid wordt uitgedrukt in mS/cm bij 25 °C. De belangrijkste ionen die in grond- en oppervlaktewater voorkomen, zijn kalium, natrium, chloor, calcium, magnesium, sulfaat, nitraat en bicarbonaat. Onder normale omstandigheden worden in grondwater slechts beperkte hoeveelheden stikstof, fosfaat en kalium gevonden.
Ammonium
Hoge gehalten aan ammonium duiden op een organische verontreiniging. Het verdient aanbeveling altijd aard en oorzaak van de verontreiniging op te sporen. Voor gebruik van regenwater, oppervlaktewater of open putwater als drinkwater voor dieren zijn de normen voor nitraten en ammonium vaak wel streng. Het ammoniumgehalte kan in regenwater verhoogd zijn door ammoniakemissie uit (oudere) stallen.
Sulfaat
Vrijwel alle grondwater bevat enig sulfaat, soms zelfs in hoge gehalten. Sulfaat is noodzakelijk voor de plantengroei. Hoge concentraties zijn niet specifiek schadelijk voor de meeste gewassen. Omdat ze onnodig het zoutgehalte van gietwater verhogen, zijn ze toch nadelig indien de grenzen voor de EC daardoor worden overschreden. Bij hoge sulfaatgehalten kan bij water geven over het gewas heen neerslag van calciumsulfaat ontstaan. Een dergelijke neerslag is vaak moeilijk te verwijderen omdat gips vrijwel niet meer in oplossing is te krijgen. Voor de meeste gewassen is 0,5-1 mmol/l sulfaat voldoende voor de voeding. Bij hogere gehalten in het aanmaakwater is er accumulatie, waarbij na een tijd geen sulfaathoudende meststoffen meer kunnen gebruikt worden.
IJzer
IJzer, dat in het water hoofdzakelijk voorkomt onder de oplosbare, tweewaardige vorm (ferro), dient door aanraking met zuurstof of door beluchting de kans te krijgen over te gaan in de driewaardige vorm (ferri). Er ontstaat dan ijzerhydroxide dat neerslaat. Wordt op voorhand niets ondernomen, dan kan dit proces zich in de leidingen afspelen. Sproeidoppen, druppelaars of drinknippels kunnen zo na korte tijd verstoppen.
Andere elementen
Ook andere elementen kunnen in water al bij zeer lage concentraties schadelijk zijn. De schade wordt veroorzaakt door opname van een te grote, voor planten of dieren toxische hoeveelheid van dit element. Boor, zink, mangaan, koper en silicium kunnen zo voor plantengroei vrij snel problemen geven. Boor is een element dat accumuleert in de voedingsoplossing. Zink komt vooral voor in water dat met verzinkte materialen in aanraking is geweest. Regenwater van verzinkte serredekken of water dat in verzinkte buizen wordt getransporteerd, kan zink bevatten. Een te hoog mangaangehalte komt vrijwel uitsluitend voor in boorputwater. In heel wat putwater komt van nature silicium voor. Silicium is een bestanddeel van zand, dat in oplossing kan komen in water.